Kariera lutnicza Jana Jakuba Lipińskiego rozpoczęła się, gdy miał 21 lat. W latach 2013–2014 uczył się lutnictwa w warsztacie polskiego lutnika Krzysztofa Pawikowskiego. W 2014 roku rozpoczął studia na Wydziale Lutnictwa Akademii Muzycznej im. Ignacego Jana Paderewskiego w Poznaniu.
Po uzyskaniu tytułu licencjata odbył pięciomiesięczny staż w warsztacie Jana Bartosia w Paryżu. W tym samym roku rozpoczął studia magisterskie na kierunku lutnictwo w Akademii Muzycznej w Poznaniu. W latach 2018/2019 pracował u Jacka Wesołowskiego – twórcy instrumentów barokowych i konserwatora z Gdańska.
W 2019 roku Jan zdobył złoty medal w Międzynarodowym Konkursie Lutniczym im. Włodzimierza Kamińskiego, otrzymując także nagrodę za najlepsze wykonanie i brzmienie instrumentu. Na początku 2020 roku zdobył srebrny medal w Międzynarodowym Konkursie Lutniczym Instrumentów Barokowych na Malcie. W tym samym roku ukończył Akademię Muzyczną w Poznaniu z wyróżnieniem, uzyskując tytuł magistra. W 2021 roku otrzymał brązowy medal w Międzynarodowym Konkursie Lutniczym im. Henryka Wieniawskiego oraz został laureatem stypendium „Młoda Polska” dla młodych artystów. Od 2021 roku współpracuje z Piotrem Pielaszkiem.
W 2024 roku rozpoczął pracę jako wykładowca na Wydziale Lutnictwa Akademii Muzycznej im. Ignacego Jana Paderewskiego w Poznaniu.
Jan jest również członkiem zarządu Związku Polskich Lutników.
Jan Jakub Lipiński 